El tiburón ballena se considera «vulnerable a la extinción» y figura en la Lista Roja de Especies Amenazadas.
Están en peligro debido a las amenazas derivadas de las actividades humanas, como los protectores solares no biodegradables, los vertidos de plástico/residuos/toxinas/aceites en el océano, el corte de las aletas de los tiburones, la captura en las redes de pesca e incluso por deporte.