Isla Contoy es un Área Natural Protegida decretada Parque Nacional por sus excepcionales condiciones naturales; además de ser una de las pocas islas del Caribe que mantiene intactos sus ecosistemas.
El agua que rodea a Contoy es muy rica en nutrientes que sirven de alimento al plancton que compone la dieta de más de 234 especies de peces que se han identificado en la zona, incluidos los majestuosos tiburones ballena y las mantarrayas que se alimentan en sus costas.