Die Isla Contoy ist ein Naturschutzgebiet, das aufgrund seiner außergewöhnlichen natürlichen Gegebenheiten zum Nationalpark erklärt wurde; außerdem ist sie eine der wenigen karibischen Inseln, die ihr Ökosystem intakt halten.
Das Wasser um Contoy ist sehr nährstoffreich und dient dem Plankton als Nahrung, von dem sich mehr als 234 Fischarten ernähren, darunter die majestätischen Walhaie und Mantarochen, die sich an den Ufern aufhalten.